Menejeman Lingkungan adalah bagian dari menejemen keseluruhan yang meliputi struktur organisasi, kegiatan perencanaan, tanggung jawab, praktek, prosedur, proses dan sumberdaya untuk mengembangkan, menerapkan, mencapai, mengkaji dan memelihara kebijakan lingkungan. Sistem yang mengatur bagaimana kegiatan bisnis dan industri menata lingkungan agar tetap sehat dan aman dari resiko pencemaran.

Dalam agroindustri pun tidak luput dari adanya pencemaran, baik itu pencemaran karena limbah cair, udara, atau padat. Untuk mengatasi permasalahan lingkungan tersebut yang melingkupi kegiatan di industri pertanian, menejemen lingkungan sangat berperan aktif. Hal ini dilakukan untuk terciptanya suatu industri pertanian yang ramah lingkungan atau tidah merusak ekosistem lingkungan.

Dalam pelaksanaan menejemen lingkungan untuk mencapai kondisi ramah lingkungan, terdapat beberapa urutan prinsip, yaitu prinsip pencegahan pencemaran (pollution prevention), prinsip pengendalian pencemaran (pollution control), dan prinsip remediasi (remediation).

Prinsip pencegahan pencemaran (pollution prevention) adalah dasar bagi terciptanya kondisi yang sangat minim dihasilkannya bahan pencemar. Pencegahan pencemaran dilaksanakan meliputi keseluruhan dari proses produksi seperti pemilihan bahan baku yang murni, penggunaan alat proses yang efisien dan efektif dalam pemakaian bahan, energi, air, perawatan peralatan untuk optimalisasi proses dan SDM dalam proses dan pengelolaan lingkungan.

Prinsip pengendalian pencemaran (pollution control) diterapkan bila pencemaran atau limbah masih dihasilkan dalam suatu proses produksi. Maka, yang dapat dilakukan adalah mengendalikan bahan pencemar atau limbah tersebut agar tidak mencemari pekerja, produk dan lingkungan sekitar. Upaya yang dapat dilakukan adalah mengolah limbah tersebut untuk menurunkan tingkat bahayanya atau menurunkan tingkat pencemarnya atau menjadikannya bahan yang lebih bermanfaat/bernilai ekonomi.

Prinsip remediasi (remediation) dijalankan untuk memulihkan kondisi lingkungan yang telah tercemar agar dapat kembali pulih dan dapat digunakan untuk kegiatan-kegiatan produktif. Hal ini dilakukan tanpa menimbulkan potensi pencemaran bagi manusia dan aktivitas didalamnya.

Tujuan utama dalam pelaksanaan dari prinsip tersebut adalah mencegah, mengurangi, dan menghilangkan terbentuknya limbah atau bahan pencemar pada sumbernya, serta menciptakan produk yang sehat, aman, dan berkualitas. Namun, ada juga enam prinsip dasar lain yang dilakukan dalam menejemen lingkungan yang bertujuaan utama sama dengan ketiga prinsip diatas, yaiturefine, reduce, reuse, recycle, recovery, dan retrieve energy.

Refine adalah penggunaan bahan atau proses yang lebih ramah lingkungan dibandingkan dengan bahan atau proses yang ada saat ini. Reduce adalah pengurangan jumlah limbah atau kehilangan bahan dengan optimalisasi proses atau operasional yang menghasilkan limbah yang mengalami pemborosan. Reuseadalah pemakaian kembali bahan-bahan atau limbah pada proses yang berbeda.Recycle adalah penggunaan kembali bahan-bahan atau sumber daya untuk proses yang sama. Recovery adalah kegiatan pengambilan kembali sebagian material penting dari aliran limbah untuk pemanfaatan ulang dalam proses atau dimanfaatkan untuk proses atau keperluan lain. Retrieve Energy adalah pemanfaatan limbah untuk digunakan sebagai bahan bakar atau dalam arti yang luas adalah penghematan energi dalam proses produksi.Pada prinsipnya, semua model atau prinsip dalam sistem menejemen lingkungan tersebut berupaya untuk meningkatkan produktivitas, menjaga keberlanjutan produksi dengan tetap memelihara kelestarian lingkungan dan kesehatan, serta keselamatan pekerja. Banyak sekali cara dan program yang dapat diterapkan sebuah industri dalam memenejemen lingkungan industrinya. Kesadaran atas kelestarian lingkungan dalam industri sangat penting. Kemudian peraturan-peraturan dan undang-undang tentang menegenai lingkungan industri pun ada sehingga suatu industri harus bisa menaati dan bisa mendapatkan sanksi apabila terbukti melanggar peraturan-peraturan tersebut.